丹徒，作为北府军先遣的刘裕兼程赶至丹徒城外。丹徒守军已无斗志，情形岌岌可危。
孙恩已经攻克丹徒城外蒜山，亲自登山擂鼓为攻城大军助威。
匆匆赶到的刘裕军不及休息，在刘裕的率领下以千人大破孙恩攻城的大军。
孙恩狼狈逃回船上，麾下部众投水而死者甚众。
然而，孙恩人多船多，见攻打丹徒失利，稍加修整后索性逆江而上，直扑建康城，而刘裕则率众镇守京口城。
可是天不佑孙恩，原本应该是东南风却刮起了西北风。孙恩的船只笨重高大，逆风而行，速度缓慢。原本一天的路程足足走了十余天。
建康城内，得知乱军将至，百姓惊恐不安，生恐孙恩进城后烧杀抢掠。
长江沿岸守护的军队与孙恩部多次交战，屡战屡败，唯有固守堡垒，不敢出战。
为安抚人心，会稽王司马道子每日前往蒋侯庙，对孙恩行厌胜之术，而司马元显则大排筵宴，招待文武大臣，试图安抚人心。
正在风雨飘摇之季，豫州刺史谯王司马尚之领六千精锐赶至，屯驻在积弩堂，城中人心稍安。
等孙恩慢悠悠地来到建康城，得知豫州兵马已至，此时刘牢之也率北府军赶来，驻防在新洲。
机会已失，孙恩率军撤走，从长江入海转而北上，攻打郁州，另遣卢循率两万兵马攻打江北的广陵城。
卢循姐夫徐道覆颇有计谋，以诱敌之计引广陵城中守兵出战，杀三千人，夺取广陵城。
得知孙恩攻打郁州，刘牢之派其婿宁朔将军高雅之前往郁州追击孙恩，结果反被孙恩所擒。
荆州江陵，桓玄得知孙恩逼近建康，当即奏本要率军东下平乱。
司马元显惊恐万分，恰好此时司马尚之到来，孙恩退走，忙以天子名义下诏阻止桓玄东进。
屋漏偏逢连夜雨，魏皇拓跋珪得知晋国境内战乱，派衮州刺史(魏)长孙肥率军两万，南渡黄河，夺取晋国疆土。前年秦军攻洛，杨佺期向魏国求救，已经暴露了晋国的虚实。
七月二日，长孙肥率六千轻骑，一万四千步卒渡过黄河，长驱直入，五天时间便轻松夺取荥阳郡。
休整五日后，长孙肥继续率军南下，准备夺取颍川郡，扩大战果。
年后，朝庭派人前来查问杨安玄夺许昌城一事。五月，下诏命杨安玄退出许昌城，温详重新坐回了大堂。
不过，杨安玄并没有回归新息城，而是在长社一带练兵，荥阳郡被魏军攻占，杨安玄退回许昌城。
大兵压境，颍川太守温详当起了缩头乌龟，带着家眷逃往建康，美其名曰向朝庭禀报敌情。
朝庭旨意很快颁至，命都亭侯、广威将军杨安玄督河南、萦阳、襄城、颍川、汝南五郡军事，抵御魏兵入侵。
得到旨意后，杨安玄下令许昌以北的新郑、长社等县百姓抢收麦田，带着物资迁入许昌城，坚壁清野。
另命襄城、汝南两郡增援许昌，河南郡太守辛恭靖加紧防御，随时出兵截断魏军退路。
长孙肥夺取荥阳后，从荥阳各县官府的库房中收集到的粮食超过十四万石，还有近万匹布帛和数十万钱。
有了这些物资人，为了将来更好地统治，长孙肥下令严禁抢掠百姓，甚至发粮赈灾。
率军南下攻打颍川郡，长孙肥下令每日给粟米一升征用役夫，前来应役的百姓超过万人。
七月十七日，长孙肥留下六千兵马守护荥阳，率六千轻骑和八千步卒兵临许昌城。
杨安玄站在许昌北门眺望铺陈在城外的魏军，没想到这么快就与魏国刀兵相见了。
城中守
军仅有三千，原本城中的百姓加上从新郑、长社等城迁入的百姓将近十万人，许昌面积足够容纳这些人，但粮食只够支撑两个月。
虽然让新郑、长社的百姓抢收粮食，但故土难离，仍有半数百姓滞留在当地，收获的粮食也不足半数。
孟龙符、蒯恩等人望着城外的魏军跃跃欲试，有过两次战胜秦军的经验，老军对魏军的到来并无惧意。
城中物资还算充足，有上万名青壮帮着守城，麾下将士半数都是精锐，杨安玄对守住许昌城充满信心。
大军安营扎寨，长孙肥在众部将的簇拥下打量许昌城。他是魏皇拓跋珪的亲信，年少时便跟着拓跋珪南征北战，屡建功勋。
魏燕大战，拓跋珪派长孙肥率七千轻骑偷袭中山，缴获燕国马铠二百余套，后中流箭受伤严重。中山平定后，长孙肥因功封爵琅琊公，后调任卫尉卿，改封卢乡公。
此次拓跋珪封其为镇远将军、兖州刺史，便是有意让他占领晋国兖州疆土，将魏国的地盘扩展到黄河南岸，为将来大举南下做准备。
长孙肥年过四旬，面容坚毅，举止从容地扬起马鞭指着许昌城道：「许昌，三国时曹操曾建都于此，愚读史时知晓魏武帝功业，很是仰慕，早有心前来浏历，此次率军南下，也算了多年心愿。」
乙弗部帅代芒笑道：「末将请为先锋夺取许昌城。」
长孙肥道：「代芒，你可知许昌城内是何人在防守？」
代芒不以为然地道：「晋人软弱，末将不用五天便可夺取许昌城。」
长孙肥摇头道：「不可大意，晋人之中亦有强者。秦军两度攻打洛阳皆败，许昌城城坚池深，易守难攻。据愚所知，守城的是两度率军救援洛阳的杨安玄，此子不容小覤。」
铁弗部将领莫突辰道