在经济上，发展表现为，将大批的在职和退休的军官安插在重要的经济部门，控制地区的经济生产。
同时地方收入绝大部分上缴中央，中央在分配过程中对少数地区实行严重的政策倾斜。
后来，北亚齐地区发现大量的天然气，并于转年开始生产，然而这并没有给亚齐当地的经济与社会发展带来任何益处。
天然气的收益直接归为中央，而亚齐当地人民本来期望随着工业的发展会出现更多的就业机会，但这些职位大多被从爪哇的移民所占有。
繁荣的工业区与亚齐其他落后的农业地带、爪哇人的高收入与亚齐本地人民的贫困生活形成了鲜明的对比，地区对中央、民族间的不满情绪日益增加，社会各阶层提出不同的建议以促使当地的经济与社会发展。
而自由亚齐运动为代表的独立主张就是这种不满情绪的极端表现。
印尼中央政权对亚齐自由运动采取坚决的军事镇压，对于亚齐地区的分离主义运动，以军人为基础的苏哈托政权采取两手政策。
一方面在亚齐修建公路，从政治上抚慰多数亚齐人，但并没有从采取真正有效的措施发展亚齐当地的经济。
另一方面对自由亚齐运动采取坚决的军事镇压。
在政治和经济方面的政策失误是亚齐分离运动产生的根源，而军事方面的高压政策并没有消除亚齐地区的分离倾向，反而使该问题积重难返。
尤其是印尼军人在亚齐建立军事占领区，准备对亚齐进行长时间的军事统治。
据报道，这期间，军队滥用职权，从恐吓到绑架、从qiáng_jiān到屠杀，严重践踏了人权，大约有2000多平民因为被怀疑与自由亚齐运动有联系而被杀，许多人被逮捕、审讯。
军事行动没有把自由亚齐运动彻底消灭，反而殃及无辜平民，使整个亚齐处于深重的民族灾难和仇恨中，中央与地方矛盾、尤其是民族矛盾被大大激化。
这对亚齐当地的分离倾向产生的推动力远远大于自由亚齐运动的号召力和影响力，可以说这是分离运动全民化的重要转折点。
在这种情况下，亚齐当地的媒体上陆续出现了揭露军人暴行的报道，而且一石激起千层浪，亚齐当地社会要求撤军、对军人暴行进行审判和对受害者的补偿的呼声日益高涨。
由于正值印尼处于南华联邦共和国的进攻时期，印尼中央政府无法迅速地做出回应，致使亚齐局势日益动荡。
1958年1月末，全亚齐学生组织发动集会，要求就亚齐的政治地位进行全民公决。
自由亚齐运动重新活跃起来，流亡海外的自由亚齐运动成员回到亚齐，并取代学生组织开始进行全民动员，试图以独立的要求取代民族自决。
其武装力量中出现了一支所谓的雇佣军，致使与印尼中央政府军队的冲突不断升级，使亚齐的局势渐趋恶化。
这以前，游击队的活动中心集中在东亚齐，而现在，自由亚齐运动的活动已经遍及全省。
该组织现有17个根据地，每个根据地有7个军事司令部，并拥有自己的军队、警察甚至海军陆战队，共17000名人员。
此外，自由亚齐运动自称已经在60个国家设有代表处。
需要指出的是，除了自由亚齐运动的分离主张外，对于亚齐的走向，在当地存在着不同的意见，如学生运动主张公民投票，地方政府则主张实行特别自治区。
亚齐分离活动的扩大加上帝汶群岛的独立，在印尼其他一些地区引起了负面的连锁反应，这使拥有1．7万个岛屿的印尼共和国面临解体的危险。
印尼国内精英人士甚至担心，处理不好，印尼将整个国家将处于四分五裂的状态。
面对亚齐的混乱局势，印尼各届政府都在坚持国家统一的前提下，试图通过给予亚齐地区更多的地方自治权，以控制亚齐的分离倾向。
对于以自由亚齐运动为代表的武装独立力量，印尼中央政府曾通过和平谈判、签订停火协定等措施加以控制，但并没有从根本上解决问题。
值得注意的是，对军队在亚齐地区侵犯人权的暴行进行调查是亚齐分离运动再次兴起的导火索之一，但印尼中央政府，对这一问题都基本采取避而不谈的政策，这是与印尼的政治特征密切相关的。
然而，正如亚齐的一些温和的伊斯兰组织所言，如果最初政府能够对一些军人的暴行进行审讯调查，也许事态不会从要求全民公决发展到独立运动。
一位亚齐的律师也指出，依法起诉在亚齐省犯下侵犯人权暴行的军警，才是争取民心的恰当作法。
总的来看，亚齐地区分离倾向产生的根源是经济利益，而作为这种倾向的代表，自由亚齐运动以武装斗争为主，在亚齐当地影响力的逐渐扩大，并促使亚齐分离运动全民化的因素却是政府政策的失误。
在目前的状况下，调查军人在亚齐的暴行是解决亚齐问题的前提之一，但如果调查亚齐问题将直接损害军人集团的利益。
对于印尼现政府来说，军队在印尼的政治生活始终占有重要的地位。因此，亚齐问题的解决，不仅涉及中央与地方的关系，涉及处理主体民族与少数民族关系的问题，更重要的是它与印尼整个国家的政治特性与体制特征密切相关。
纵观自由亚齐运动的斗争可以看到，经济利益是分离运动产生的根源，建立独立政权是该组织